Vsebina
Elektroforeza z agaroznim gelom je znanstveni postopek, ki se uporablja v raziskovalnih in diagnostičnih projektih, ki vključujejo proučevanje nukleinskih kislin. Omogoča znanstveniku ali tehniku, da loči nabite molekule nukleinskih kislin, kot je DNA, glede na njihovo velikost, in se uporablja za analizo produktov, ki jih generira eksperiment, kot je verižna reakcija s polimerazo. Uporablja se rutinsko, ker je poceni za izvajanje, hiter postopek in omogoča obnovitev analizirane nukleinske kisline.
Izdelava gela
Zberite vse potrebne predmete in jih očistite s 70% etanolom. Med predmete sodijo pladenj iz gela, lepilni trak, laboratorijska agaroza, bučke ali jeklenke, 10x koncentracija (Tris-Borat-EDTA, TBE), pufer, etidijev bromid, barvilo in vzorec za analizo. Poskrbite tudi, da imate rezervoar za elektroforezo in vir energije. Agarozo pripravimo s tehtanjem ustrezne količine DNA traka, ki ga je treba analizirati, z mešanjem s puferom TBE in taljenjem v mikrovalovni pečici. Na splošno je 1% do 2% raztopina zadostna za pokritje številnih delov DNK, ki jih preučujemo v dnevni molekularni biologiji. Majhne DNK zahtevajo več koncentriranih gelov, večji pa zahtevajo več razredčenih gelov. Raztopino agaroze zmešamo z etidijevim bromidom, ki se med postopkom elektroforeze veže na nukleinsko kislino. Ta raztopina se vlije v talilni pladenj gela, tako kot je vstavljen oblikovalni glavnik in se zmes pusti strjevati.
Vstavite in aktivirajte gel
Gel odstranimo iz pladnja in ga potopimo v rezervoar z elektroforezo v gelu, ki vsebuje tekoči pufer. Vzorci, ki jih je treba analizirati, se z barvami zmešajo in dajo v vdolbine v gelu, ki ga ustvarja glavnik. Vključen je tudi marker ali skala, ki raziskovalcu omogoča, da vidi napredovanje elektroforeze in določi velikost nastalih fragmentov. Na gel nato nanesemo električni tok, ki prisili vzorec, da se premakne iz enega konca gela v drugega. Med tem postopkom se nukleinske kisline v vzorcu ločijo na fragmente različnih velikosti, pri čemer se večje molekule približajo vodnjaku in manjše molekule se premaknejo na drugi konec gela.
Analizirajte gel
Po zaključku postopka elektroforeze se gel odstrani iz rezervoarja in postavi v UV transiluminator, ki osvetli fragmente nukleinskih kislin, ki se vežejo na fluorescentni etidijev bromid. To naredimo na fotografiji in trakove nukleinskih kislin lahko izmerimo glede na razdaljo, ki je migrirala skozi gel. Lestvica jih bo ločila v pasove znanih velikosti in jih lahko uporabite za vodenje raziskovalca med analizo.